Um mit dem Sammeln von Stempeln beginnen zu können, benötigt Link das Stempelbuch, welches er von Niko in Prologia erhält. Niko bittet Link darum, auf seiner Reise von jedem Stempel einen Abdruck einzusammeln.
Insgesamt sind 20 Stempel in der Welt von Spirit Tracks zu finden. Nachdem eine bestimmte Anzahl gefunden und ins Stempelbuch aufgenommen wurde, gibt es auch eine Belohnung:
Im Nordosten der Stadt müssen die Steine gesprengt werden, um auf die Stadtmauer zu gelangen. Folgt man dieser nun in Richtung Nordwesten, gelangt man zum nächsten Stempel.
Im 1. Stockwerk an der Treppe im Norden die Wand rechts und links aufsprengen. Anschließend geht man durch die östliche Öffnung, besiegt die Gegner und aktiviert den Schalter mit dem Bumerang. Geht nun in den Westlichen Gang und zieht euch mit der Peitsche zum Stempelstand.
Link muss im Südosten den Vogelruf spielen und sich mittels Peitsche zur Insel im Südosten tragen lassen. Nun muss der Vogelruf erneut gespielt werden, um sich auf mit derselben Methode auf die nächste Insel tragen zu lassen. Der Stempel befindet sich im Südwesten.
Nach dem ihr den Weg zum Feuerschrein geebnet habt, macht ihr das Gleiche noch mal weiter Südlich, so erscheinen im Westen zwei zusätzliche Brücken. Nutzt diese, um zum Stempel zu gelangen.
Nachdem das Rätsel mit der Lore gelöst wurde, muss man wieder zurück nach oben zur Treppe fahren. Auf dem Weg ist im Südwesten des Raumes ein Schalter zu sehen. Wird er betätigt, wird eine Weiche umgestellt und man gelangt über die Schienen zum Stempel.
Im Norden des ersten Geschosses müssen die beiden verhärteten Sandhügel auf die Schalter gelegt werden, um eine Tür zu öffnen. Der Stempel, der sich hier im Westen befindet, kann nun mithilfe des Sandstabs erreicht werden.
Link muss in Hyrule-Stadt fünf Hühner kaufen und diese zum Lokomo im Sandschrein bringen. Die Hühner laufen nun in diesem Bereich frei herum und Link kann eines benutzen, um zur Insel im Südosten zu schweben.
In Echoes of Wisdom hat der Stempelmann für seine Stempeljagd in ganz Hyrule Stempel-Stationen aufgestellt. An jeder der Stationen kann Zelda einen Stempel für ihre Stempelkarte abholen.